Центар за јавно здравје - Скопје е јавна здравствена установа која обавува специјалистичка превентивната здравствена заштита. Основана е од Собранието на Република Македонија на 6 јули 1993 година. 
Почетоците на организирана превентивна здравствена заштита во градот се од дваесетите години од минатиот век. Целокупната дејност за одржување на физичкото здравје на населението ја вршел Хигиенскиот завод кој почнал да работи во 1925 година 

Во 1934 година е отворена станицата за заштита од маларија и ерадикација на пегав тифус во населбата Чаир во Скопје. Денес во тој објект е сместена службата за дезинфекција, дезинсекција, дератизација и фумигација што работи во состав на Центарот.  Во 1951 година е формиран Завод за здравствена заштита во кој функционирале здравствено превентивните служби.

Во 1970 година е интегриран во Здравствен Дом на град Скопје, а од средината на осумдесетите во состав на оозт Заводи за превентивна медицина. 
Со Законот за здравствена заштита донесен 1991 година оваа установа го доби името Завод за здравствена заштита Скопје а од 1994 година се одвоил од Здравствен Дом- Скопје и функционира како самостојна Јавна Здравствена Установа- Завод за задравствена Заштита -Скопје ,со сегашните дејности , одделенија и организациона поставеност.

Со Законот за изменување и дополнување на Законот за здравствената заштита, од 29 мај, 2009 година, установата го доби сегашното име.-Центар за Јавно Здравје - Скопје. Согласно Законот за здравствена заштита Центарот за Јавно Здравје - Скопје ја следи, истражува и проучува здравствената состојба на населението, причините за појавата и ширењето на заразните и другите болести од социјално-медицинско значање, како и влијанието на еколошките фактори врз здравјето. Предлага и превзема мерки заради заштита и унапредување на здравјето на луѓето на целата територијата на подрачјето на град Скопје.