Qendra e Shëndetit Publik – Shkup është shtëpi publike e shëndetit e cila kryen parandalim të specializuar  të kujdesit shëndetësor. E themeluar nga Kuvendi i Republikës së Maqedonisë me 6 korrik të vitit 1993. Fillimet e organizuara të parandalimit të kujdesit shëndetësor janë nga vitet e 20-ta të shekullit të kaluar. Aktivitetin e përgjithshëm  për të ruajtur shëndetin fizik të populsisë e ka kryer Instituti i Higjienës i cili ka filluar të punoj në vitin 1925.

Në vitin 1934 është hapur stacion për parandalimin e malaries dhe çrrënosjen e njollave të tifosit në lagjen Çair në Shkup. Sot në atë objekt është e vendosur shërbimi për dezinfektim, tymosje, çrrënosje dhe larje e cila punon në kuadër të Qendrës.   Në vitin 1951 është formuar Enti për Ruajtjen e Shëndetit në të cilën kan funksionuar shërbimet parandaluese shëndetësore.

Në vitin 1970 është integruar në Shtëpia e Shëndetit të qytetit të Shkupit, ndërsa nga mesi i viteve 80-ta në kuadër të OOZT Ente për Mjekësi Parandaluese.
Me ligjin për mbrojtjen e shëndetit e miratuar në vitin 1991 ky institucion e mori emrin Enti për Ruajtjen e Shëndetit Shkup ndërsa nga 1994 është ndar nga Shtëpia e Shëndetit – Shkup dhe funkcionon si e pavarur  Shtëpia e Shëndetit Publik – Enti për Ruajtjen e Shëndetit – Shkup, me aktivitetet aktuale, repartet dhe strukturën organizative.   

Me Ligjin për ndryshim dhe plotësim të Ligjit për mbrojtjen e shëndetit, nga 29 maj viti 2009, instuticioni e mori emrin aktual Qendra e Shëndetit Publik – Shkup. Në përpythje me Ligjin për mbrojtjen e shëndetit Qendra e Shëndetit Publik – Shkup monitoron, heton dhe studion gjendjen shëndetësore të popullsisë, shkaqet për paraqitjen dhe përhapjen e sëmundjeve infektuese dhe të tjera nga rëndësia socio-mjekësore, si dhe ndikimin e faktorëve ekologjik rreth shëndetit. Propozon dhe ndërmerr masa për shkak mbrojtjes dhe përparimin e shëndetit të njerëzve në teritorin e plotë të qytetit të Shkupit.